12月26日下午,中国科学院上海营养与健康研究所所级科学数据中心举办了“微生物基因组数据的汇交与共享”培训,旨在帮助科研人员了解和掌握微生物基因组数据汇交的概况和流程等。本次培训由中心高级工程师刘婉担任主讲人,她在微生物以及合成生物学数据库与数据仓库工作方面具有丰富经验,参与国家重点研发计划、国家自然科学基金重大研究计划等多个项目,发表SCI期刊论文6篇。
刘婉首先介绍了微生物系统和基因组学数据库(eLMSG)的设计理念、系统功能和数据汇交概况,随后详细介绍了微生物基因组数据的汇交流程,并进行了在线演示。学员们积极参与,踊跃发言,与刘婉进行了深入交流和讨论。此次培训使学员们更深入地了解了所级科学数据中心提供的微生物基因组数据的汇交与共享服务,并为科学研究提供了有力支持。
营养与健康所所级科学数据中心将继续举办相关主题的培训活动,以帮助更多的科研人员了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四类服务。同时,所级科学数据中心也欢迎科研人员提出宝贵意见和建议,以进一步完善和提升服务质量。通过与科研人员的积极互动和反馈,中心将不断改进服务流程和技术支持,以满足科研人员的需求,为科研人员提供更加优质的服务。
关于eLMSG数据库:
eLMSG(eLibrary of Microbial Systematics and Genomics;http://www.biosino.org/elmsg)旨在建立经过认证的系统分类清晰的微生物分类及基因组数据库。该数据库不仅整合了分类学信息,还包括物种对应的基因组信息和表型信息(包括形态学、生理学、生物化学和酶学等)。首先,eLMSG的分类系统是人工审编的,包括了所有生效发表的和部分有效发表的分类学数据。每个分类层级收集包括拉丁文名称、分类学ID(NCBI taxonomy)、词源、所在分类层级、分类家系、生效和/或有效发表年份、特征描述、典型分类名称以及分类历史上的修改历史等分类学信息。其次,从文献中提取和审编相关物种的表型数据将整合到eLMSG中进行展示和检索。最后,物种层级数据还包含16SrRNA基因和基因组序列的信息。物种层级的基因组数据收集了每个物种包括典型和非典型菌株的所有公开可用的基因组数据,而且还提供标准化分析流程进行重新注释。综上,eLMSG是一个研究微生物系统学和基因组学的综合性平台,对了解微生物分类学、自然进化过程和生态关系有非常重要的作用。
刘婉高级工程师作培训报告